自从赢得战争，关闭虫洞已经过去了十年，人们回到了以前那样平静的生活，整个世界都在休养生息。在这过去的几年里，机甲基地在不断的完善着自己的机甲技术，建造出了更多的巨型机甲，不仅有新的机甲，机甲驾驶员也在进行着新的选拔。

杰克，将军的儿子，在一次盗窃机甲零件，遇到了同样盗取零件的阿玛拉，阿玛拉有着自己建造的机甲——拳击手千亿球友会，一个小型的机甲。但由于阿玛拉这次偷盗机甲零件被发现了，她想驾驶着拳击手逃走，但是却被巨型机甲拦截。

阿玛拉和杰克都被送进了监狱，但由于杰克原来是基地的人，阿玛拉又自己建造出了一个机甲，基地的人们认为她有着不可忽视的机甲天赋，将他们两个都带回了基地。

机甲在进步，技术在发展，邵老板推出了全新的无人驾驶机甲技术，让全世界都部署上无人驾驶机甲，减少机甲驾驶员的牺牲。这个技术是好的，但是她的团队里却有内鬼。

约特博士，一个怪兽迷，在上一次的世界毁灭大战里，他凭借自己的想法和大胆的做事行为，为将军的炸毁计划做出了关键的改造。可是在炸毁了虫洞后他依然沉迷于怪兽，竟然与怪兽的大脑一直生活在一起。在他频繁的和怪兽建立精神连接，他终于在某一天被怪兽控制大脑，他变成了先驱。

先驱的计划一直是摧毁地球上的所有生物，约特博士被控制了，他所做的一切也都是为了摧毁世界。在先驱的控制下，他计划着摧毁自己拼命保护下来的世界。他控制了邵老板的无人机甲，在世界多处海洋中制造虫洞。

还好邵老板和另一个博士阻止了虫洞的打开，但是不幸的是已经出来了三只高级怪兽，怪兽的血液与稀有元素会发生巨大的反应。这是另一个博士推测出来的结论，但他不确定这个结果，就想与约特博士讨论一下，可是约特已经变成了先驱了。他利用这个博士的结论改进了他自己的计划。

将怪兽投入日本富士山，富士山里有着大量的稀有元素，这些元素与怪兽血液发生反应，足以点燃富士山，让火山爆发，全世界弥漫毒气，所有生物全部灭亡，达到自己摧毁世界的目的。

可是机甲基地里的英雄们怎么会让这个计划成功实施呢？他们利用博士的结论，利用怪兽血液与稀有元素反应发出的能量做推进器，将战斗机甲快速送到日本，与怪兽进行混战，三头怪兽在最后关头变身成一个超级巨大的新型怪兽，巨型机甲战败。

但是英勇的机甲战士怎么会放任怪兽毁灭世界呢？他们想出来新的办法，那就是用重力势能转化为动能，用高速机甲撞击怪兽。最后关头复仇流浪者机甲在邵老板通过无人驾驶技术驾驶的拳击手的帮助下成功将怪兽撞死在富士山的火山口附近。

世界再一次被机甲战士保护了下来。